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無縫克隆試劑盒的使用流程

更新時間:2025-08-15點擊次數:608
  無縫克隆試劑盒基于同源重組原理,通過插入片段與線性化載體末端的同源序列(15-25 bp)實現定向重組,無需酶切與連接步驟,具有操作便捷、陽性率高(可達95%以上)、支持多片段重組等優勢。
 
  無縫克隆試劑盒其使用流程可分為以下三個核心步驟:
 
  一、線性化載體制備
 
  酶切法
 
  雙酶切:選擇載體中兩個不同的酶切位點,用限制性內切酶消化載體,通過凝膠電泳分離并回收線性化載體。雙酶切可降低載體自連背景,提高陽性率。
 
  單酶切:若無可選雙酶切位點,可采用單酶切,但需延長酶切時間(2小時至過夜)并進行脫磷處理(如CIP處理20分鐘),以減少自連假陽性。
 
  注意事項:酶切后需通過膠回收純化線性化載體,避免環狀質粒殘留;若載體長度超過10 kb,建議延長酶切時間以確保線性化。
 
  反向PCR法
 
  在載體克隆位點兩側設計一對反向引物,通過PCR擴增獲取線性化載體片段。
 
  關鍵點:使用高保真DNA聚合酶(如Phusion或Q5)擴增,避免堿基突變;擴增產物需通過膠回收純化,去除環狀模板質粒。
 
  二、插入片段制備
 
  引物設計
 
  在插入片段的正反向引物5’端引入與線性化載體末端一致的同源序列(15-25 bp)。
 
  示例:
 
  正向引物:5’-上游載體同源序列(15-25 bp)+插入片段特異性序列-3’
 
  反向引物:5’-下游載體同源序列(15-25 bp)+插入片段特異性序列-3’
 
  注意事項:
 
  同源序列Tm值需≥48℃,可通過公式計算(A-T堿基對=2°C,G-C堿基對=4°C)。
 
  若載體為粘性末端且3’端突出,引物設計需包含突出部分;若5’端突出,則可選擇性包含。
 
  避免在同源序列中引入酶切位點,除非需保留重組后位點。
 
  PCR擴增
 
  使用高保真DNA聚合酶擴增插入片段,擴增產物需通過凝膠電泳分離并回收。
 
  特殊情況處理:若擴增模板為環狀質粒,建議用Dpn I消化模板DNA,避免殘留質粒干擾重組反應。
 
  三、重組反應與轉化
 
  重組反應體系配制
 
  推薦比例:
 
  線性化載體用量(ng)= 0.02 × 載體堿基對數(如5 kb載體需100 ng)。
 
  插入片段用量(ng)= 0.04 × 片段堿基對數(單片段)或 0.02 × 片段堿基對數(多片段)。
 
  若插入片段長度小于200 bp,需使用5倍載體用量。
 
  反應條件:將線性化載體、插入片段與2× Cloning Master Mix混合后,50℃孵育15-60分鐘(片段數量與長度影響反應時間,如2-3個片段反應20分鐘,4-6個片段反應60分鐘)。
 
  轉化與篩選
 
  熱激轉化:
 
  取100 μL冰浴融化的感受態細胞(如DH5α),加入5-10 μL重組產物,輕輕混勻后冰浴30分鐘。
 
  42℃水浴熱激45-90秒,迅速轉移至冰浴中靜置2分鐘。
 
  加入500 μL無抗生素LB培養基,37℃、200 rpm復蘇1小時。
 
  涂布平板:取100-300 μL復蘇液均勻涂布于含相應抗生素的LB平板,37℃倒置培養過夜。
 
  陽性克隆鑒定:
 
  菌落PCR:用槍頭挑取單菌落至10 μL無菌水中混勻,取1 μL為模板進行PCR擴增(建議使用載體通用引物或特異性引物)。
 
  酶切鑒定:提取質粒后用相應內切酶酶切,電泳檢測片段大小。
 
  測序驗證:對陽性克隆進行測序,確認插入片段序列正確性。
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